La CLE a le statut d'une commission administrative sans personnalité juridique propre. Elle organise et gère l’ensemble de la procédure d’élaboration, de consultation puis de mise en œuvre du SAGE. Elle est responsable du déroulement et de la validation de chacune des étapes de la phase d’élaboration du SAGE. Par ailleurs, elle constitue un lieu privilégié de concertation, de débat, de mobilisation et de prise de décision. Elle veille notamment à ce que les enjeux principaux identifiés dans le dossier préliminaire et lors de l’étape d’état des lieux soient traités par le SAGE.
La CLE ne peut pas, juridiquement, assurer le rôle de maîtrise d’ouvrage d’études, d’animation ou de travaux. Elle devra s’appuyer sur une structure porteuse qui est en général une collectivité territoriale, un établissement public territorial de bassin (EPTB) ou un groupement de collectivités territoriales (Art. R212-33 du CE). Comme l’indique l’article L.212-4 CE, la CLE est composée en partie de « représentants des usagers, des propriétaires fonciers, des organisations professionnelles et des associations concernées, établis dans le périmètre du schéma visé à l’article L.212-3 code envir. ».
La CLE a aussi pour rôle de faire respecter le SAGE, une fois celui-ci approuvé, notamment concernant les activités ou installations soumises à déclaration ou autorisation au titre de la réglementation loi sur l’eau ou de la réglementation ICPE. Il est important pour la CLE d'être reconnue sur le territoire et associée aux projets de son territoire. Elle dispose d'un avis consultatif sur les projets Installations, Ouvrages, Travaux, et Activités (IOTA). Cela nécessite de se faire connaître dès le début pour être associé aux décisions. En effet l’article L214-7 du code de l’environnement précise bien que les Installations classées protection de l'environnement (ICPE) sont soumises à la législation sur l’eau et que le SAGE leur est donc opposable.
Dans un rapport transmis au préfet chaque année, la CLE détaille l’avancement et la mise en œuvre des différentes politiques du SAGE sur le territoire. Cette évaluation permet aussi de moduler les actions en fonction des retours sur les différents enjeux (et les différentes dispositions du SAGE) et de valoriser la prise en compte de problématiques dans le programme de travail de la CLE.
Enfin, lors de l’adoption d’une nouvelle réglementation (comme la LEMA en 2006) ou pour la mise en compatibilité avec le SDAGE, la CLE doit impulser la révision du SAGE.